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日志

 
 

hdu 1080 Human Gene Functions  

2013-08-05 17:22:08|  分类: ACM-hdu |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1080
题意:给出两个DNA序列,序列里可以插入空格,问如何匹配能够使得得分最高,得分表题中给出(对应位相同的得分最高)。
题解:类似LCS的dp。
状态转移方程:dp[i][j]=Max(dp[i-1][j]+g[pa[i]][5],dp[i][j-1]+g[5][pb[j]],dp[i-1][j-1]+g[pa[i]][pb[j]]); g[i][j]表示得分矩阵。

/*
* fudq.cpp
*
* Created on: 2013-08-05
* Author: fudq
*/
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <cstring>
#include <cmath>
#include <ctime>
#include <iostream>
#include <algorithm>
#include <queue>
#include <set>
#include <map>
#include <stack>
#include <string>
#include <vector>
#include <deque>
#include <list>
#include <functional>
#include <numeric>
#include <cctype>
using namespace std;

#define FOR(i,a) for((i)=0;i<(a);(i)++)
#define MEM(a) (memset((a),0,sizeof(a)))
#define LL __int64

const int N=110;
const int M=1000010;
const int MOD=1000000007ll;
const int INF=0x7fffffff;
const double eps=1e-7;
const double PI=acos(-1.0);

double max(double a,double b){return a>b?a:b;}
double min(double a,double b){return a>b?b:a;}

char a[N],b[N];
int len1,len2,pa[N],pb[N],dp[N][N];

int g[6][6]={
{0,0,0,0,0,0},
{0,5,-1,-2,-1,-3},
{0,-1,5,-3,-2,-4},
{0,-2,-3,5,-2,-2},
{0,-1,-2,-2,5,-1},
{0,-3,-4,-2,-1,-1000000}
};

void init(char a[],int len,int p[])
{
for(int i=0;i<len;i++)
{
if(a[i] == 'A')
p[i+1]=1;
else if(a[i] == 'C')
p[i+1]=2;
else if(a[i] == 'G')
p[i+1]=3;
else if(a[i] == 'T')
p[i+1]=4;
}
}

int Max(int a,int b,int c){return max(max(a,b),c);}

int LCS()
{
int i,j;
memset(dp,0,sizeof(dp));
for(i=1;i<=len1;i++)
dp[i][0]=dp[i-1][0]+g[pa[i]][5];
for(i=1;i<=len2;i++)
dp[0][i]=dp[0][i-1]+g[5][pb[i]];
for(i=1;i<=len1;i++)
for(j=1;j<=len2;j++)
{
dp[i][j]=Max(dp[i-1][j]+g[pa[i]][5],dp[i][j-1]+g[5][pb[j]],dp[i-1][j-1]+g[pa[i]][pb[j]]);
}
return dp[len1][len2];
}

int main()
{
#ifndef ONLINE_JUDGE
freopen("testin.txt","r",stdin);
// freopen("testout.txt","w",stdout);
#endif
int t;
while(scanf("%d",&t)!=EOF)
{
while(t--)
{
scanf("%d%s",&len1,a);
scanf("%d%s",&len2,b);
init(a,len1,pa);
init(b,len2,pb);
printf("%d\n",LCS());
}
}
return 0;
}



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